In der Gründungsurkunde des Klosters Wiesensteig vom Jahre 861 wird Merklingen als "Marchlingen" erstmals genannt. Wahrscheinlich ist Merklingen im 6. Jahrhundert von den Alamannen gegründet worden, als dieser Volksstamm die Albhochfläche besiedelte. Merklingen liegt auf der Albhochfläche, unweit von Ulm und vom Albtrauf.